实务中，为了有利于公司实际控制人控制公司，有专家筹划成立有限合伙企业作为个人的持股平台持有上市公司股票。那么，有限合伙企业代持上市公司股票与个人直接持有上市公司股票在税收上有什么区别?

　　一、个人转让上市公司股票的免增值税，合伙企业转让上市公司股票需缴纳增值税。

　　根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1销售服务、无形资产、不动产注释规定：金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。但《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3规定：个人从事金融商品转让业务取得的金融商品转让收入免征增值税。股票属于有价证券，根据上述规定，个人转让股票免征增值税。

　　但若自然人使用有限合伙企业持股，转让上市公司股票时不仅要面对可能高达35%的个税，通常因为溢价，还需要按照金融商品转让缴纳增值税，一般计税率为6%，并且几乎没有相应的进项可以抵扣，再加上增值税附加等税负，溢价部分的税负率可能超过40%。

　　二、个人从上市公司取得的股息红利免税，个人通过有限合伙间接持有上市公司股票的不享有免税优惠。

　　《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2015〕101号)规定：个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额;持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，暂减按50%计入应纳税所得额;上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。

　　三、个人从新三板取得股息红利免税，但个人通过有限合伙间接持有新三板股票的不享有免税优惠。

　　根据《关于继续实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策的公告》(财政部 税务总局 证监会公告2019年第78号)规定：个人持有挂牌公司的股票，持股期限超过1年的，对股息红利所得暂免征收个人所得税。个人持有挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额;持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，其股息红利所得暂减按50%计入应纳税所得额;上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。

　　个人直接持有新三板的股票一年以上，可以免征个人所得税。但是个人通过合伙企业持有新三板股票一年以上，由于适用对象仅提及个人，不包括合伙企业，因此，在财政部、国家税务总局未更新政策口径前，不适用于合伙企业投资者的间接投资分红。

　　四、个人买卖境内上市公司股票免征所得税，个人通过有限合伙企业转让上市公司股票的，对个人合伙人应按5-35%的税率征税，而不是按20%征税。

　　《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》(税总稽便函[2018]88号)规定：......(三)关于自然人投资者从投资成立的合伙企业取得的股息、红利是否适用财税【2015】101号文件享受优惠政策问题的意见答：财税【2015】101号文件规定，个人从公开发行和转让市场取得上市公司股票，适用上市公司股息红利差别化个人所得税政策。该"个人"不包括合伙企业的自然人合伙人。

　　注：替代财税【2015】101号的最新文件为：《财政部 税务总局 证监会关于继续实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策的公告》(财政部 税务总局 证监会公告2019年第78号)。合伙企业转让股权(股票)本来就是经营所得，对个人合伙人应按5-35%的税率征税，而不是按20%征税。

　　五、目标公司转增资本时，自然人直接持股可以享受个税递延纳税优惠，而个人通过有限合伙间接持股时，无法取得税务局备案，不能享受税收优惠。

　　《财政部 国税局将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国的公告》(财税[2015]116号)，自2016年1月1日起，全国范围内的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本时，个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可根据实际情况自行制定分期缴税计划，在不超过5个公历年度内(含)分期缴纳，并将有关资料报主管税务机关备案。

　　目标公司将资本公积转增合伙企业股东的资本(股本)，合伙企业不享有任何税收优惠政策，合伙企业的合伙人应当根据分配比例分别申报缴纳企业所得税或个人所得税。

　　六、非上市公司授予本公司员工的股权激励，员工可以享受递延纳税优惠，个人通过有限合伙作为持股平台，不享有股权激励的政策。

　　根据《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》(财税〔2016〕101号)规定：对符合条件的非上市公司股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励实行递延纳税政策：(一)非上市公司授予本公司员工的股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励，符合规定条件的，经向主管税务机关备案，可实行递延纳税政策，即员工在取得股权激励时可暂不纳税，递延至转让该股权时纳税;股权转让时，按照股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额，适用财产转让所得项目，按照20%的税率计算缴纳个人所得税。股权转让时，股票(权)期权取得成本按行权价确定，限制性股票取得成本按实际出资额确定，股权奖励取得成本为零。

　　综上，有限合伙企业作为个人代持股平台虽然有利于公司实际控制人控制公司，但从税收角度来看，并不是最佳选项。并且劣势表现的尤为明显：一是本来个人转让上市公司和新三板股票免征增值税及附加税费，无形中生出来了;二是本来个人取得上市公司和新三板的股息红利可以免征，但通过合伙企业就不能免了;三是本来个人转让上市公司和新三板股票所得可以免征个人所得税，但通过合伙企业洗出了个5-35%的个人所得税;四是个人持股本来可以申请递延纳税也不行了。整来整去，千万别把钱给整没了。