按照现行个人所得税法实施条例第六条第一款第五项规定：经营所得，是指：1.个体工商户从事生产、经营活动取得的所得，个人独资企业投资人、合伙企业的个人合伙人来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得；********。这里我们就以个体工商户、个人独资企业、合伙企业为核心来分析经营所得课税的一个重要问题。为了表达方便，笔者将个体工商户、个人独资企业、合伙企业统称为“业户”，我们将个体工商户的业主、个人独资企业投资人、合伙企业合伙人统称为投资者。

1、我国现行个人所得税法第六条第（三）项规定，经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。这个层面的应纳税所得额，是业户层面的应纳税所得额。业户需要聘请会计人员或者委托外部人员机构对其收入、成本、费用、损失进行核算，才可以正确地确定业户层面的应纳税所得额。否则需要可能符合核定的条件。

2、个人所得税法实施条例第十五条第二款规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。这个层面的应纳税所得额，是投资人层面的应纳税所得额。

最终用于计税的是投资人层面的应纳税所得额，但是只有先计算出业户层面的应纳税所得额，才可以计算出投资人层面的应纳税所得额。现在问题来了，很多业户的会计核算不健全，实施条例要求，从事生产、经营活动，未提供完整、准确的纳税资料，不能正确计算应纳税所得额的，由主管税务机关核定应纳税所得额或者应纳税额。那么，核算不清楚的到底是第一个层面的应纳税所得额（业户层面），还是第二个层面的应纳税所得额呢？

其实也好回答，只要第一个层面核算不清，第二个层面肯定也是不清楚的。影响第二个层面应纳税所得额的因素有三个：a业户层面的应纳税所得额；b分配比例，这个比例取决于约定等因素，与核算无关；c四大扣除项目金额。这个四大扣除项目金额不是靠核算，如果我们说人家投资人对四大扣除核算不清楚，那么你又凭啥说那些有综合所得的普通的自然人可以核算清楚呢？问题来了，核算不清楚的只会是第一个层面的应纳税所得额或者说业户层面的应纳税所得额，那么税务机关如果对业户经营所得进行核定，应该核定的是哪一个层面的所得呢？也肯定是核定第一个层面的应纳税所得额！

因此，税务机关对业户层面核算不清楚的（收入、成本、费用、损失）进行核定，这四个收支项目或其差额的核定与四大扣除项目无关。对于那些取得经营所得的个人，没有综合所得的，先核定其业务层面的经营所得，按照比例分配给投资人，再允许投资人减除四大扣除。四大扣除与核算不清无关，不应该纳入核定。但是很多税务机关都会说，我给你核定应税所得率的时候，已经把你的四大扣除预先考虑进去了，给你核定了一个相对比较低的应税所得率，因此你计算应纳税所得额的不允许再扣除一次四大扣除项目金额了。而且国家税务总局公告2019年7号对应的经营所得申报表a表也是这么设计的。笔者表示不太理解，愿意和大家一起探讨！