小规模纳税人开具1%农产品增值税专票，能否按9%计算抵扣进项税额?2021年8月31日国家税务总局网站的解答是：根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)第二条、《财政部 税务总局关于调整增值税税率的通知》(财税〔2018〕32号)第二条、《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号)第二条规定，纳税人购进农产品，对依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额;纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的，按照10%的扣除率计算进项税额。 因此，你公司购进农产品，如销售农产品的小规模纳税人选择放弃享受减征增值税政策，开具3%征收率的增值税专用发票，你公司取得了小规模纳税人开具的3%征收率的增值税专用发票，即可按上述规定9%的扣除率计算抵扣进项税额。 如果取得了小规模纳税人开具的1%征收率的农产品增值税专用发票，不可按上述规定计算抵扣进项税额。

也就是说，按照国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。而在此之前，有很多省份的答复是：小规模纳税人开具的1%征收率的农产品增值税专用发票，可以按9%计算抵扣进项税额。

在笔者看来，总局的解释欠妥。当然，小规模纳税人放弃1%，是可以开具3%征收率增值税专用发票，开具专票的部分需要按照3%税率来缴税。并且针对某一客户开具3%专票的，也不影响对其他客户享受减税，开具1%的发票。但《财政部 税务总局关于延续实施应对疫情部分税费优惠政策的公告》( 财政部 税务总局公告2021年第7号 )规定：“截止2021年12月31日之前，增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税。”该优惠政策是属于税率式减免，就好比销售货物税率由17%调整到16%、13%的意思一样。并且征收率由3%调整为1%一样可以开具专票，与其他增值税减免有根本性的区别：一般来说，减免增值税项目是不可以开具增值税专用发票(粮食收储企业除外)。那么，该文件为什么不规定“增值税小规模纳税人适用3%征收率减按1%征收增值税”，明确1%为征收率?因为减按1%征收增值税就意味着享受该减免就不能开具专票。该文件暗含的意思在于：可以开具专票，相应购买方可以抵扣。相应购买农产品开具1%也可以按照规定抵扣率计算抵扣。之所以原文件中只明确了“3%”征收率，那是因为在那个时间1%征收率并未“出生”，政策制定并不能考虑未来征收率的变化，如果一味强调开具3%征收率的农产品才能计算抵扣，就显得有点过于“咬文嚼字”。当然，国家税务总局的解答连规范性文件都谈不上。

当遇到政策争议情况，纳税人应当如何应对?如果说本省解答与国家税务总局解答冲突的，建议纳税人务必要留好本省解答的证据。《税收征管法》第五十二条规定：“因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在3年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金”。《税收征管法实施细则》第八十条对什么是税务机关的责任作了进一步明确：“税收征管法第五十二条所称税务机关的责任，是指税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法”。按照《征管法》及其《实施细则》的规定，因税务机关的责任造成的未缴少缴税款，税务机关虽然在3年内可以追征，但是不能加收滞纳金。也就是说，即便是后期税务机关发现执行政策错误，最多是补缴增值税，不存在加收滞纳金，更不存在罚款。

另外，对小规模纳税人原来开具的1%增值税专用发票也可以开具红字发票，重新开具3%征收率增值税专票，虽然补缴两个点的增值税，但相对9%或10%抵扣还是值得的。如果不打算开具红字发票处理，对原来1%已作进项税转出的，可以继续进行抵扣。