实务操作中，很多企业通过一次性或者分次收购股权的方式，取得开发土地，在通过股权收购方式取得土地的过程中，因总局政策不明朗，所以各地税务在执行过程中存在不一致的现象。

国家税务总局只是针对个别的通过转让股权方式取得土地使用权的情形出具了相关问题的批复，我们最熟悉的国税函[2000]687号文件《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

还有国税函[2011]415号《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。

但是并未针对该交易行为出具明确的文件，在实务操作中存在两种情况：

一、通过股权交易取得土地，并未缴纳土地增值税

有部分企业通过分次转让股权的形式取得土地，但是由于各地税务局政策不一，很多地区并未针对该交易行为缴纳土增税，所以项目公司开发建设完成后，进行土地增值税清算时，本文观点认为按照土地原始价值作为可扣除金额。主要原因有以下两点：

1、股权收购方作为收购主体，虽然取得项目公司的100%控制权，但是土地使用权依然在项目公司名下，所以项目公司名下核算的土地成本依然是取得土地时的最初原始价值。

2、由于税务机关并未将该交易行为，认定为转让土地使用权的行为，而征收土地增值税，所以在第一次交易时未征收土增税，故项目清算时应该按照土地原始价值作为可扣除金额。

二、通过股权交易取得土地，按照转让不动产缴纳土增税

但有部分企业，虽然是通过股权转让取得的土地使用权，但是按照交易的实质，企业进行了项目的土地增值税清算，缴纳了土地增值税。清算时按照土地评估价值(作为清算收入)减去土地原始价值(作为可扣除金额)计算增值额、增值率，计算缴纳土地增值税。

这种情况下，虽然项目公司的土地成本账面价值依然为原始价值，但是，项目开发建设完成后，再次进行土增清算时，由于第一次交易行为虽然表面为股权交易，但是企业和税务统一按照实质重于形式的原则，按照转让土地使用权的行为缴纳和征收了土地增值税，故本文观点认为，既然进行了第一次的土地增值税清算，所以再次开发结束后，进行二次土增清算时，应按照第一次土地评估价值作为本次清算土地可扣除金额。

来源：中道财税 作者：焦宗欣

2008年10月的解析——

股权投资方式获取土地使用权 应重视收购后土地成本的计量

目前，房地产开发企业获得土地使用权，除在土地交易市场参加公开竞标外，一些地产商还采取股权投资方式获取土地资源。通过股权收购方式获取土地使用权，收购人应重视收购后土地成本的计量。

例如：a公司为某房地产开发项目公司，两年前以招拍挂方式获取土地25400平米，支付土地出让金及补偿费用12000万元，a公司注册资金6000万元。a公司因资金不足，准备将该地块转让，a公司经咨询有关人士，认为采取股权转让方式比直接转让土地使用权税收成本较低。b公司拟受让该地块，经协商，以土地评估价值作价将a公司股权全部转让给b公司。a公司土地评估价值为20000万元。假设投资当日，a公司所有者权益为6000万元。

相关帐务处理如下：b公司在取得a公司股权时

借：长期股权投资——a公司（股权投资成本）6000万元

长期股权投资——a公司（股权投资差额）14000万元

贷：银行存款 20000万元

a公司凭相关法律文件，做变更投资人的帐务处理

借：实收资本——a公司 6000万元

贷：实收资本——原股东 6000万元

从帐务处理来看，土地评估增值部分无法在股权交易过程中得到账面确认。

从目前税收相关政策规定看，关于资产的计量，有如下规定：国税发[2000]84号：纳税人的存货、固定资产、无形资产和投资等各项资产成本的确定应遵循历史成本原则。纳税人发生合并、分立和资本结构调整等改组活动，有关资产隐含的增值或损失在税收上已确认实现的，可按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。

财税[1997]77号：企业进行股份制改造发生的资产评估增值，应相应调整账户，所发生的固定资产评估增值可以计提折旧，但在计算应纳税所得额时不得扣除。

国税发[1998]97号：企业合并、兼并后的各项资产，在缴纳企业所得税时，不能以企业为实现合并或兼并而对有关资产等进行评估的价值计价并计提折旧，应按合并或兼并前企业资产的账面历史成本计价，并在剩余折旧期内按该资产的净值计提折旧。凡合并或兼并后的企业在会计损益核算中，按评估价调整了有关资产账面价值并据此计提折旧的，应在计算应纳税所得额时进行调整，多计部分不得在税前扣除。

土地增值税相关政策也对可计入扣除项目的土地成本进行了如下规定：《中华人民共和国土地增值税暂行条例》：计算增值额的扣除项目包括：取得土地使用权所支付的金额；开发土地的成本、费用……

从以上可以分析得出，税收上关于资产成本的计量均强调了历史成本及实际发生的确认原则。纳税人发生合并、分立和资本结构调整等改组活动，有关资产隐含的增值或损失在税收上未确认实现的，不能按经评估确认后的价值确定有关资产的成本。

案例中，虽然b公司支付的股权溢价金额主要是由于土地增值所致，但b公司的交易行为为股权投资，而非土地使用权交易，因此账务处理上，溢价支出仅能计入相关投资成本，而不能将溢价支出计入土地成本。

这时，b公司成为a公司股东后，a公司账面反映的土地成本仍为历史成本，商品房开发完成销售时必将产生较大的增值空间，直接后果是造成土地增值税适用高税率，税负较高。在企业所得税方面，按照国税发[2000]84号文件的规定：“纳税人对外投资的成本不得折旧或摊销，也不得作为投资当期费用直接扣除，但可以在转让、处置有关投资资产时，从取得的财产转让收入中减除，据以计算财产转让所得或损失。”b公司的溢价支出可以在股权处置时计算扣除，但b公司将损失资金的时间价值。

作为b公司，通过股权投资的方式获取开发土地资源，在股权转让谈判中，应事先对股权转让、今后房地产开发中涉及的税收情况进行分析、测算，掌握各环节的涉税情况及其因果关系，对未来收益有清醒的估计。这样才能在谈判中掌握主动，使经济行为向着有利于自身收益最大化的方向发展。