2000年医疗改革后，对医疗机构划分营利性医疗机构和非营利性医疗机构。非营利性医疗机构，是指为社会公共利益服务而设立和运营的医疗机构。它不以营利为目的，收入用于弥补医疗服务成本，实际运营中的收支结余只能用于自身的发展、改善医疗条件、引进先进技术、开展新的医疗服务项目等。营利性医疗机构是指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的医疗机构。它根据市场需求自主确定医疗服务项目并报卫生行政部门核准，参照执行企业财务、会计制度和有关政策。它依法自主经营，医疗服务价格放开，实行市场调节价，根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。

一、耕地占用税。《中华人民共和国耕地占用税法》第七条第一款规定，军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税。《中华人民共和国耕地占用税法实施办法》的公告(财政部公告2019年第81号)第九条规定，免税的医疗机构，具体范围限于县级以上人民政府卫生健康行政部门批准设立的医疗机构内专门从事疾病诊断、治疗活动的场所及其配套设施。医疗机构内职工住房占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。

二、契税。《中华人民共和国契税法》第六年第二项规定，“非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助”免征契税。根据《财政部 税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》(财政部 税务总局公告2021年第23号)第三条(一)的规定，享受契税免税优惠的非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构，限于上述三类单位中依法登记为事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等的非营利法人和非营利组织。其中：医疗机构的具体范围为经县级以上人民政府卫生健康行政部门批准或者备案设立的医疗机构。

三、增值税。对医疗机构提供的医疗服务免征增值税。这里的医疗机构,是指依据国务院《医疗机构管理条例》(国务院令第149号)及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》(卫生部令第35号)的规定,经登记取得《医疗机构执业许可证》的机构,以及军队、武警部队各级各类医疗机构。具体包括：各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心，各級政府及有关部门举办的卫生防疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所)、各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构，各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。这里的医疗服务,是指医疗机构按照不高于地(市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格(包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等)为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务，以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。符合条件的医疗机构提供的医疗服务免征增值税，包括与医疗服务相关的药品、药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食服务。

医疗机构接受其他医疗机构委托，按照不高于地(市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格(包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等)，提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务免征增值税。

注意：对医疗机构，不论是营利性还是非营利性医疗机构，取得下列收入应当缴纳增值税：1.不按照国家法规的价格取得的卫生服务收入不免征增值税。2.从事非医疗服务取得的收入，如：租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按法规计算缴纳各项税费。3.对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按法规计算缴纳各项税费。4.非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按法规计算缴纳各项税费。

四、企业所得税。不论是营利性医疗机构还是非营利性医疗机构，都属于企业所得税纳税人。根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定，企业的下列收入为免税收入：(四)符合条件的非营利组织的收入。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第512号)第八十四条规定，企业所得税法第二十六条第(四)项所称符合条件的非营利组织，是指同时符合下列条件的组织：前款规定的非营利组织的认定管理办法由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。第八十五条规定，企业所得税法第二十六条第(四)项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。根据《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》(财税〔2009〕122号)一、非营利组织的下列收入为免税收入：(一)接受其他单位或者个人捐赠的收入;(二)除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入;(三)按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费;(四)不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入;(五)财政部、国家税务总局规定的其他收入。因此，对非营利性医疗机构应当免税资格认定，但并不是取得了非营利组织免税资格就一定免税，只有列举的免税收入才能免税，未列举的，仍属于企业所得税应税收入。根据国办发[2015]45号规定，社会办医疗机构按照企业所得税法规定，经认定为非营利组织的，对其提供的医疗服务等符合条件的收入免征企业所得税。

五、个人所得税。医疗服务人员个人所得税没有特殊优惠政策，但对个人所得税区分以下情况：(1)个人经政府有关部门批准，取得执照，以门诊部、诊所、卫生所(室)、卫生院、医院等医疗机构形式从事疾病诊断、治疗及售药等服务活动，应当以该医疗机构取得的所得按照经营所得计算缴纳个人所得税。个人未经政府有关部门批准，自行连续从事医疗服务活动取得所得，无论是否有经营场所，要按照经营所得计算缴纳个人所得税。(2)医生承包经营由集体、合伙或个人出资的乡村卫生室(站)，经营成果归医生个人所有，承包人取得的所得，按照经营所得计算缴纳个人所得税。乡村卫生室(站)的医务人员取得的所得，按照工资、薪金所得计算缴纳个人所得税。(3)受医疗机构临时聘请坐堂门诊及售药，由该医疗机构支付报酬，或收入与该医疗机构按比例分成的人员，其取得的所得，按照劳务报酬所得计算缴纳个人所得税，以一个月内取得的所得为一次，税款由该医疗机构代扣代缴。

六、房产税方面，对符合规定的社会办非营利性医疗机构自用的房产，免征房产税;为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对营利性医疗机构自用的房产，免征房产税，3年免税期满后恢复征税。

七、土地使用税方面，对符合规定的社会办非营利性医疗机构自用的土地，免征城镇土地使用税;为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对营利性医疗机构自用的土地，免征城镇土地使用税，3年免税期满后恢复征税。

八、车船税方面，为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对营利性医疗机构自用的车船，免征车般税，3年免税期满后恢复征税。